Reads and output a CIF file for powder diffraction
readpd_rtv.RdReads and output a CIF file for powder diffraction
Arguments
- filename
A character string. The path to a valid CIF file.
- message
A logical variable. If TRUE (default) the function prints a message highlighting what is included in the cif file.
Value
A named list. Each name correspond to a valid field in the powder diffraction Rietveld processed CIF.
Examples
datadir <- system.file("extdata",package="cry")
filename <- file.path(datadir,"e-65-00i60-Isup2.rtv")
lCIF <- readpd_rtv(filename)
print(names(lCIF))
#> [1] "HEADER" "DIFF" "REFL_PEAK"
print(lCIF$INTRO$CELL)
#> NULL
print(lCIF$INTRO$HALL)
#> NULL
print(lCIF$INTRO$HM)
#> NULL
print(lCIF$REFL)
#> $VAL
#> index_h index_k index_l mult X_pdphase_id observed_status F_squared_meas
#> 1 0 0 2 2 1 o 2369.4832
#> 2 0 0 2 2 1 o 0.0000
#> 3 0 1 1 4 1 o 4697.2173
#> 4 0 1 1 4 1 o 0.0000
#> 5 1 0 1 8 2 o 1987.9292
#> 6 1 0 1 8 2 o 0.0000
#> 7 1 1 0 4 1 o 781.9140
#> 8 1 1 0 4 1 o 0.0000
#> 9 2 0 0 2 1 o 2033.0707
#> 10 2 0 0 2 1 o 0.0000
#> 11 1 1 0 4 2 o 23.3866
#> 12 1 1 0 4 2 o 0.0000
#> 13 1 0 2 8 2 o 156.2153
#> 14 1 0 2 8 2 o 0.0000
#> 15 1 1 1 8 2 o 31.9622
#> 16 1 1 1 8 2 o 0.0000
#> 17 -1 1 2 4 1 o 1176.7306
#> 18 -1 1 2 4 1 o 0.0000
#> 19 -2 0 2 2 1 o 3426.9102
#> 20 -2 0 2 2 1 o 0.0000
#> 21 -2 1 1 4 1 o 30.8249
#> 22 -2 1 1 4 1 o 0.0000
#> 23 1 1 2 4 1 o 33769.4688
#> 24 1 1 2 4 1 o 0.0000
#> 25 1 1 2 8 2 o 235.7214
#> 26 1 1 2 8 2 o 0.0000
#> 27 2 1 1 4 1 o 48591.3984
#> 28 2 1 1 4 1 o 0.0000
#> 29 2 0 2 2 1 o 213232.9375
#> 30 2 0 2 2 1 o 0.0000
#> 31 0 1 3 4 1 o 3550.6409
#> 32 0 1 3 4 1 o 0.0000
#> 33 1 0 3 8 2 o 38.4178
#> 34 1 0 3 8 2 o 0.0000
#> 35 0 2 0 2 1 o 22475.1855
#> 36 2 0 0 4 2 o 1210.7428
#> 37 0 2 0 2 1 o 0.0000
#> 38 2 0 0 4 2 o 0.0000
#> 39 2 0 1 8 2 o 48501.6289
#> 40 2 0 1 8 2 o 0.0000
#> 41 -2 1 3 4 1 o 66.3939
#> 42 -2 1 3 4 1 o 0.0000
#> 43 -1 2 1 4 1 o 180471.0000
#> 44 -1 2 1 4 1 o 0.0000
#> 45 0 0 4 2 1 o 7834.2690
#> 46 0 0 4 2 1 o 0.0000
#> 47 1 1 3 8 2 o 181.6517
#> 48 1 1 3 8 2 o 0.0000
#> 49 0 0 4 2 2 o 222965.8281
#> 50 1 2 1 4 1 o 486.0922
#> 51 0 0 4 2 2 o 0.0000
#> 52 1 2 1 4 1 o 0.0000
#> 53 3 1 0 4 1 o 171639.5781
#> 54 2 1 0 8 2 o 30962.9082
#> 55 3 1 0 4 1 o 0.0000
#> 56 2 1 0 8 2 o 0.0000
#> 57 0 2 2 4 1 o 65506.2539
#> 58 0 2 2 4 1 o 0.0000
#> 59 2 0 2 8 2 o 12620.8867
#> 60 2 0 2 8 2 o 0.0000
#> 61 -3 1 2 4 1 o 9667.7266
#> 62 -2 0 4 2 1 o 459743.8125
#> 63 -3 1 2 4 1 o 0.0000
#> 64 2 1 1 16 2 o 16051.7480
#> 65 -2 0 4 2 1 o 0.0000
#> 66 2 1 1 16 2 o 0.0000
#> 67 -1 1 4 4 1 o 1141.1920
#> 68 -1 1 4 4 1 o 0.0000
#> 69 2 2 0 4 1 o 14544.9756
#> 70 2 2 0 4 1 o 0.0000
#> 71 1 0 4 8 2 o 437.5220
#> 72 1 0 4 8 2 o 0.0000
#> 73 2 1 2 16 2 o 26520.3730
#> 74 2 1 2 16 2 o 0.0000
#> 75 2 1 3 4 1 o 24020.7754
#> 76 2 1 3 4 1 o 0.0000
#> 77 -2 2 2 4 1 o 46938.7109
#> 78 -2 2 2 4 1 o 0.0000
#> 79 -1 2 3 4 1 o 73184.8281
#> 80 -1 2 3 4 1 o 0.0000
#> 81 1 1 4 4 1 o 104483.8750
#> 82 2 0 3 8 2 o 33043.3594
#> 83 1 1 4 4 1 o 0.0000
#> 84 2 0 3 8 2 o 0.0000
#> 85 1 1 4 8 2 o 667.2842
#> 86 1 1 4 8 2 o 0.0000
#> 87 3 1 2 4 1 o 7486.1807
#> 88 3 1 2 4 1 o 0.0000
#> 89 -4 0 2 2 1 o 99216.9453
#> 90 4 0 0 2 1 o 10274.3818
#> 91 -4 0 2 2 1 o 0.0000
#> 92 4 0 0 2 1 o 0.0000
#> 93 1 2 3 4 1 o 46791.0820
#> 94 2 2 2 4 1 o 2758.0916
#> 95 1 2 3 4 1 o 0.0000
#> 96 2 2 2 4 1 o 0.0000
#> 97 2 0 4 2 1 o 5911.3706
#> 98 2 0 4 2 1 o 0.0000
#> 99 2 1 3 16 2 o 5533.4663
#> 100 2 1 3 16 2 o 0.0000
#> 101 -4 1 1 4 1 o 41813.8828
#> 102 -4 1 1 4 1 o 0.0000
#> 103 -3 2 1 4 1 o 40502.6641
#> 104 -3 2 1 4 1 o 0.0000
#> 105 -3 1 4 4 1 o 4440.2881
#> 106 -3 1 4 4 1 o 0.0000
#> 107 2 2 0 4 2 o 32.7533
#> 108 2 2 0 4 2 o 0.0000
#> 109 2 2 1 8 2 o 112.4629
#> 110 0 1 5 4 1 o 21593.6133
#> 111 2 2 1 8 2 o 0.0000
#> 112 0 1 5 4 1 o 0.0000
#> 113 1 0 5 8 2 o 17404.6348
#> 114 -2 1 5 4 1 o 42540.7969
#> 115 1 0 5 8 2 o 0.0000
#> 116 -2 1 5 4 1 o 0.0000
#> 117 0 2 4 4 1 o 12553.4785
#> 118 3 2 1 4 1 o 34652.0391
#> 119 0 2 4 4 1 o 0.0000
#> 120 3 2 1 4 1 o 0.0000
#> 121 2 0 4 8 2 o 640.6699
#> 122 2 0 4 8 2 o 0.0000
#> 123 -4 1 3 4 1 o 5952.1089
#> 124 4 1 1 4 1 o 11874.3525
#> 125 -4 1 3 4 1 o 0.0000
#> 126 4 1 1 4 1 o 0.0000
#> 127 2 2 2 8 2 o 550.8636
#> 128 2 2 2 8 2 o 0.0000
#> 129 -2 2 4 4 1 o 53233.2969
#> 130 0 3 1 4 1 o 45086.6094
#> 131 -3 2 3 4 1 o 3780.2756
#> 132 3 0 1 8 2 o 3074.2651
#> 133 -2 2 4 4 1 o 0.0000
#> 134 0 3 1 4 1 o 0.0000
#> 135 -3 2 3 4 1 o 0.0000
#> 136 3 0 1 8 2 o 0.0000
#> 137 -4 0 4 2 1 o 2752.3303
#> 138 1 3 0 4 1 o 42123.1289
#> 139 4 0 2 2 1 o 123431.9453
#> 140 -4 0 4 2 1 o 0.0000
#> 141 1 3 0 4 1 o 0.0000
#> 142 4 0 2 2 1 o 0.0000
#> 143 1 1 5 8 2 o 97.2280
#> 144 1 1 5 8 2 o 0.0000
#> 145 2 1 4 16 2 o 17079.8281
#> 146 2 1 4 16 2 o 0.0000
#> 147 3 1 0 8 2 o 6029.5371
#> 148 3 1 0 8 2 o 0.0000
#> 149 3 0 2 8 2 o 559.1663
#> 150 3 0 2 8 2 o 0.0000
#> 151 3 1 1 16 2 o 3124.4919
#> 152 -1 3 2 4 1 o 147.7801
#> 153 3 1 1 16 2 o 0.0000
#> 154 -1 3 2 4 1 o 0.0000
#> 155 0 0 6 2 1 o 83572.9375
#> 156 -2 0 6 2 1 o 28524.6992
#> 157 0 0 6 2 1 o 0.0000
#> 158 -2 0 6 2 1 o 0.0000
#> 159 2 2 3 8 2 o 1081.8108
#> 160 -2 3 1 4 1 o 9929.9180
#> 161 2 2 3 8 2 o 0.0000
#> 162 -2 3 1 4 1 o 0.0000
#> 163 1 3 2 4 1 o 68998.4062
#> 164 1 3 2 4 1 o 0.0000
#> 165 -1 2 5 4 1 o 8595.4863
#> 166 -1 2 5 4 1 o 0.0000
#> 167 -4 2 2 4 1 o 8503.1777
#> 168 4 2 0 4 1 o 638.0391
#> 169 -1 1 6 4 1 o 23542.5488
#> 170 -4 2 2 4 1 o 0.0000
#> 171 4 2 0 4 1 o 0.0000
#> 172 -1 1 6 4 1 o 0.0000
#> 173 3 1 2 16 2 o 19.8521
#> 174 3 1 2 16 2 o 0.0000
#> 175 2 3 1 4 1 o 4.0365
#> 176 2 3 1 4 1 o 0.0000
#> 177 3 1 4 4 1 o 3666.9519
#> 178 3 1 4 4 1 o 0.0000
#> 179 2 1 5 4 1 o 6554.5259
#> 180 2 1 5 4 1 o 0.0000
#> 181 2 0 5 8 2 o 16618.5859
#> 182 0 3 3 4 1 o 16150.6836
#> 183 2 2 4 4 1 o 5541.0601
#> 184 2 0 5 8 2 o 0.0000
#> 185 0 3 3 4 1 o 0.0000
#> 186 2 2 4 4 1 o 0.0000
#> 187 3 0 3 8 2 o 20.4677
#> 188 -5 1 2 4 1 o 5965.2241
#> 189 3 0 3 8 2 o 0.0000
#> 190 -5 1 2 4 1 o 0.0000
#> 191 3 2 3 4 1 o 1831.5604
#> 192 1 0 6 8 2 o 1196.2216
#> 193 3 2 3 4 1 o 0.0000
#> 194 1 0 6 8 2 o 0.0000
#> 195 5 1 0 4 1 o 18243.5742
#> 196 5 1 0 4 1 o 0.0000
#> 197 -4 1 5 4 1 o 1650.4871
#> 198 4 1 3 4 1 o 96220.2422
#> 199 1 2 5 4 1 o 18245.7480
#> 200 -2 3 3 4 1 o 1137.6747
#> 201 -4 1 5 4 1 o 0.0000
#> 202 4 1 3 4 1 o 0.0000
#> 203 1 2 5 4 1 o 0.0000
#> 204 -2 3 3 4 1 o 0.0000
#> 205 2 1 5 16 2 o 16523.2695
#> 206 2 1 5 16 2 o 0.0000
#> 207 3 1 3 16 2 o 1502.6492
#> 208 3 1 3 16 2 o 0.0000
#> 209 1 1 6 4 1 o 12062.1221
#> 210 2 2 4 8 2 o 280.4720
#> 211 -3 1 6 4 1 o 4068.0000
#> 212 1 1 6 4 1 o 0.0000
#> 213 2 2 4 8 2 o 0.0000
#> 214 -3 1 6 4 1 o 0.0000
#> 215 1 1 6 8 2 o 423.5984
#> 216 3 3 0 4 1 o 774.4432
#> 217 3 2 0 8 2 o 5587.0557
#> 218 1 1 6 8 2 o 0.0000
#> 219 3 3 0 4 1 o 0.0000
#> 220 3 2 0 8 2 o 0.0000
#> 221 -3 2 5 4 1 o 141027.5000
#> 222 -3 2 5 4 1 o 0.0000
#> 223 -3 3 2 4 1 o 69987.3359
#> 224 3 2 1 16 2 o 43956.4688
#> 225 -3 3 2 4 1 o 0.0000
#> 226 3 2 1 16 2 o 0.0000
#> 227 -4 2 4 4 1 o 20995.9785
#> 228 4 2 2 4 1 o 47551.7578
#> 229 -4 2 4 4 1 o 0.0000
#> 230 4 2 2 4 1 o 0.0000
#> 231 -1 3 4 4 1 o 12422.7354
#> 232 -1 3 4 4 1 o 0.0000
#> 233 -5 1 4 4 1 o 116568.2109
#> 234 3 0 4 8 2 o 4623.0938
#> 235 -5 1 4 4 1 o 0.0000
#> 236 3 0 4 8 2 o 0.0000
#> 237 2 0 6 2 1 o 64201.6641
#> 238 -4 0 6 2 1 o 14120.7305
#> 239 4 0 4 2 1 o 22743.4746
#> 240 2 0 6 2 1 o 0.0000
#> 241 -4 0 6 2 1 o 0.0000
#> 242 4 0 4 2 1 o 0.0000
#> 243 3 2 2 16 2 o 1973.7472
#> 244 3 2 2 16 2 o 0.0000
#> 245 2 3 3 4 1 o 34429.0195
#> 246 2 3 3 4 1 o 0.0000
#> 247 0 2 6 4 1 o 567.6698
#> 248 -2 2 6 4 1 o 75411.1875
#> 249 0 2 6 4 1 o 0.0000
#> 250 -2 2 6 4 1 o 0.0000
#> 251 -5 2 1 4 1 o 1035.1407
#> 252 -5 2 1 4 1 o 0.0000
#> 253 1 3 4 4 1 o 445.5444
#> 254 5 1 2 4 1 o 105733.3047
#> 255 1 3 4 4 1 o 0.0000
#> 256 5 1 2 4 1 o 0.0000
#> 257 3 1 4 16 2 o 2583.3315
#> 258 3 1 4 16 2 o 0.0000
#> 259 2 0 6 8 2 o 5898.5391
#> 260 3 3 2 4 1 o 140997.8281
#> 261 2 0 6 8 2 o 0.0000
#> 262 -2 1 7 4 1 o 1467.0215
#> 263 3 3 2 4 1 o 0.0000
#> 264 -2 1 7 4 1 o 0.0000
#> 265 0 1 7 4 1 o 54637.7148
#> 266 -6 0 2 2 1 o 64490.4141
#> 267 0 1 7 4 1 o 0.0000
#> 268 -6 0 2 2 1 o 0.0000
#> 269 -5 2 3 4 1 o 49908.8047
#> 270 -5 2 3 4 1 o 0.0000
#> 271 2 2 5 8 2 o 4331.1899
#> 272 2 2 5 8 2 o 0.0000
#> 273 3 2 3 16 2 o 25675.4375
#> 274 -4 3 1 4 1 o 32008.8164
#> 275 3 2 3 16 2 o 0.0000
#> 276 -4 3 1 4 1 o 0.0000
#> 277 -3 3 4 4 1 o 13753.5215
#> 278 1 0 7 8 2 o 958.1486
#> 279 6 0 0 2 1 o 18317.1152
#> 280 2 1 6 16 2 o 35813.7266
#> 281 -3 3 4 4 1 o 0.0000
#> 282 0 4 0 2 1 o 15813.3242
#> 283 4 0 0 4 2 o 108647.2031
#> 284 1 0 7 8 2 o 0.0000
#> 285 6 0 0 2 1 o 0.0000
#> 286 2 1 6 16 2 o 0.0000
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